〜あらすじ〜
プロメシュームを倒して１年後。宇宙から機械人間は消えた。
しかし、地球は別の支配者が現れもっとひどい場所となる。
食べ物はどんどん支給され、飼いならされた人々は無気力な豚にされた。
抵抗する人々は地下へと追いやられ、その中に鉄朗がいた。
９９９でやって来たメーテルは処刑されそうになった鉄朗を救い、
「闇」の支配者「メタノイド（生まれた時から機械の体）」を倒す為、新しい旅へ
旅立つ。ガラスのクレアは「光」の支配者により復活してもらっている
途中、惑星「ほたるの輪の駅」で旅館従業員イーゼルさんと仲良くなるが、鉄朗達の
居場所をメタノイドに教えなかった為、星ごと爆破。破片からハーロックが守ってくれる。
さらに９９９に侵入してくるメタノイドと闘い、司令官ヘルマザリアが乗り込んで来る
〜メタノイド兵の自爆とヘルマザリア（９９９車内）〜
メーテル「鉄朗！」鉄朗「ふ〜」メーテル「無事だったのね」
鉄朗「何とか..それにしても自爆するなんて」
メーテル「兵士にとって命令は絶対。自分の心臓を破壊してでも任務を遂行する」
鉄朗「だからって、何も！」
メーテル「例え自分の意志とは別でも..鉄朗、今度の敵はそういう相手なの！」
鉄朗「恐ろしいやつらだ」
ヘルマザリア「私の部下だからな」鉄朗「誰だ！」
客車の上から鉄朗の足下へレーザーを撃つヘルマザリア。
ヘル「メーテル..こんな形で会いたく無かった」メーテル「ヘルマザリア！」
ヘル「メーテル、あなたと９９９とそこにいる少年を抹殺する」
メーテル「これがあなた達のやり方？命の灯を一つでも多く
消そうと企む「闇」の支配者の言うがままに動く事が！」
ヘル「そうだ」鉄朗「ヘルマザリア！イーゼルさんを、ほたるの星を
破壊したのはお前か！何故だ！星ごと破壊する事無いじゃないか！」
ヘル「お前達有機生命体が私達にとって忌むべき存在だからだ」鉄朗「何？」
ヘル「死ね！」レーザーをよけ、反撃する鉄朗。だがかわされる。
突然車内に入って来るが衣服だけ残し消えてしまう。鉄朗「どこだ！」
鉄朗「......はっ...メーテルーーー！」メーテルに銃口を向け顔の横、
メーテルの後ろの車内移動用扉を打ち抜く！
反撃のレーザーが鉄朗の手を撃ち銃を落とす鉄朗。駆け寄ろうとするメーテル
ヘル「動くな！..動けば撃つ！」メーテル「あなた達の目的は私達の抹殺のはず。
何故すぐ撃たないの？」鉄朗は気絶している。
メーテル、後ろの扉を開くとヘルマザリアが胸を撃たれ倒れている
〜ヘルマザリアの死〜
ヘル「まさかあの少年の銃がこのアーマーを撃ち抜くとは..」
メーテル「若者をあなどったら、いつか手痛い報復を受ける。
あなたはほたるの輪の星で鉄朗を倒すべきだったわ」
ヘル「いいよ..私にもあの子位の息子がいる」銃を降ろすヘルマザリア
メーテル「ヘルマザリア！」ヘル「メーテル..これで良い、息子には宇宙最強の
戦士と闘って倒れたと言え。鉄朗には、逃げたと..でないとあの子は必ず胸を痛める」
メーテル「ヘルマザリア！」
ヘルマザリア、通路の乗降口に近付く「来るな！..私の心臓は..もう..」
メーテル「誇り高い聖母騎士が、逃げたと言って良いのね？」
何も言わず宇宙に飛び出すヘルマザリア。宇宙の遠くで爆発するヘルマザリア。
〜地球が爆発（９９９車内客席）〜
鉄朗「あ痛たたたた！」メーテル「これで大丈夫よ」
鉄朗「ヘルマザリアは本当に逃げたの？逃げる様な騎士じゃ無い気がするけど」
メーテル「いつか..また会う時が来るわ。戦士としてね」車掌が来る。
鉄朗「ん？車掌さん、どうしたの？顔色が悪いよ」
車掌「た、大変な事が」鉄朗「ん？」
車掌「管理局防災部より緊急連絡が入りまして..その..太陽が..太陽が
超新星になったと」鉄朗「なーに言ってんだか！そんな事有る訳..」
メーテル「いつの事、どこからの連絡です！？」
車掌「つい先程、テクノロジアの管理分室より..」
鉄朗「..嘘だ！太陽が爆発するなんて！そんな事有る訳ないよ！
太陽の質量は超新星になる程大きく無いし、それにまだ」メーテル「現実よ」
ゆっくり振り向く鉄朗。うつむいているメーテル。
メーテル「メタノイドは種の起源が異なるヒューマノイドを恐れていた。
だから、その生命の源を消したんだわ」車掌「..受信した映像を投影します」
太陽が爆発して真っ赤になった宇宙が映る。
鉄朗「嘘だ..嘘だ！僕は地球を元に戻したくて９９９に乗ったんだ！
闘う覚悟をして！これじゃ何の為に旅に出たんだ！何もかも消えてしまうなんて
太陽系が、地球が消えてしまうなんて、嘘だーー！！（ひざまずく）
..夢も希望も消し飛んでしまうなんて..うう..」
ハーロックの声「消えてはいないぞ、鉄朗！」鉄朗「キャプテンハーロック」
９９９と並んで飛ぶアルカディア号、その中にハーロックがいる。
ハーロック「ふる里は消えてはいない。太陽系は消えてはいないぞ！
鉄朗、お前がここにいる。太陽系も地球もお前の中に存在しているのだ。
お前が生きている限り地球は死にはしない、決して滅びはしない」
〜新しい希望（９９９客席）〜
ガラスのクレア「鉄朗さん、通路の所にこれ（イーゼルの手作り弁当）が..」
鉄朗「..とてもそんな気分じゃ」クレア「でも」鉄朗「え？」
弁当を開けるクレア。御飯の上にゴマで文字が書かれてある。
＜あなたの未来がすばらしいものでありますように イーゼル＞
鉄朗「..僕は誰も何も救えなかった、地球もイーセルさんも何にも..僕は無力だ」
メーテル「鉄朗くじけてはダメ！心の中の炎を無くしてしまったら、それこそ
メタノイドの思うツボよ。あなたが夢を、未来を信じている限り歴史は変わる。
可能性は有るわ、だから私は鉄朗を９９９に乗せた。鉄朗、パスを出して！」
パスが「地球ーエターナル（アルテメータ星系経由）」に変わっている。
鉄朗「！行き先が..終着駅が変わっている、これは一体..あっ！
確かクレアさんを蘇らせてくれた人って終着駅に居るって言ったね！ここに行けば
その人に会えるんだね！その人の力を借りる事が出来れば太陽系やイーゼルさんを」
メーテル「蘇らせる事が出来るかどうか、鉄朗次第。あなたが心の中の炎を
無くさないで辿り着く事が出来れば、きっと」鉄朗「うん！」
思い出のイーゼル（鉄朗さんあなたはいつか光も時間も追い越す時が..未来をよろしく）
〜惑星大テクノロジアに向かって〜
ハーロック「鉄朗、何が有っても生き延びろよ、死んだら夢は終わりだ！
生きている限り、夢はお前と共に有る！」
パスを見る鉄朗（エターナル..永遠！アルティメイト..無限！無限の中の永遠！
そこに行く事が出来れば..僕の夢は終わって無い、
だからこうして再び９９９に乗っているんだ！僕の旅はまだ終わって無いんだ！
地球を元通りに出来るかなんて今はまだ分からないけど、何としてでも
終着駅エターナルへ行くんだ！メタノイドが邪魔しようが何だろうが！）
メーテル（宇宙にはまだ鉄朗の知らない神秘が有るわ。
その神秘の扉を開くのはいつの時代も若者よ）
車掌「次の停車駅は、惑星大テクノロジア。停車時間は４９時間８分と９秒。
大テクノロジアで有ります！」惑星に向かい９９９が向かう。
その後をアルカディア号、クイーンエメラルダス号、宇宙戦艦ヤマトが続く。
ナレーション”光と影の織り成す永遠に向かって少年の日々の最後の旅は
始まった。惑星大テクノロジアは鋼鉄の意志を持った人間の生きる、
宇宙の心臓である。全宇宙の生命体に生き抜く希望と力を送り出し続けている命の
星なのである。ここは銀河の果て、光と闇の世界に続くレールに伸びる始発駅。
そう、ここからそれが始まる。鉄朗とメーテルの本当の旅が。
光と時間を追い越す永遠の旅がこれから始まるのだ”
９９９、惑星大テクノロジアの上を飛び、画面に向かって真っ暗になった所で終了
〜エンディングテーマ（アルフィー）とスタッフロールの後〜
「１９９９年...銀河鉄道９９９ 宇宙の中心へ！」と出て
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