あくまで個人的なやり方です。参考までに。
1.まず鉛筆描きでデッサンを
だいたいのイメージで鉛筆描きします。バランスを考えて、
腕とひじから先を同じ長さにしたり、上半身、下半身を同じ長さにしたり。
2.本番用にライトボックス等で線画にする
さっきの下絵を元に1本線の線画にします。で、スキャナーでスキャン。
スキャンしたらグレースケールにしたりなるべく汚れが無いように。
3.2階調化と線の補正
で、1番「線」がくっきり出る範囲で2階調化（白、黒のみに）します。
これはジャギー（ガタガタ）がかなり出る荒い技ですが、
着色がメチャクチャ楽になります。
100％に拡大して、全部の線がはみだしてないか、途切れて無いかを
鉛筆ツール（アンチエイリアス無し）で修正。黒で描き、白で消す感じ。
出来たらコピーしてレイヤーにし、
白を選んで「選択範囲」-「色域指定」で選択し、白だけ消す。
（黒い線画だけが残ります。）もとの「背景」は全部好きな色で塗り潰してしまう。